Portão de Baldur 3 começa com o(s) herói(s) dos jogadores sendo capturados por um Mindflayer e trazidos a bordo de um Illithid Nautiloid (um navio orgânico voador feito de tentáculos e combustível de pesadelo). Isso os leva a serem infectados com girinos Illithid, horríveis sanguessugas de pesadelo que se escondem atrás do olho da vítima e iniciam o horrível processo conhecido como “Ceremorfose”.
