Persona 3 Recarregar apresenta um fluxo aparentemente interminável de chefes e inimigos para os jogadores lutarem. A partir do momento em que entram no Tártaro, cada novo andar funciona como um quebra-cabeça que se resolve ao descobrir as fragilidades de novas sombras. Embora os inimigos que percorrem cada andar permaneçam bastante consistentes em dificuldade, há um tipo que oferece um desafio muito maior: Sombras Formidáveis.
