Fantasia Granblue: Relink tem uma árvore de sistema de maestria repleta de recursos que desbloqueia habilidades únicas para todos os personagens do jogo. Atualizar a árvore de Maestria aumenta os pontos fortes e habilidades de um personagem, ao mesmo tempo que faz com que ele trabalhe melhor como parte de uma equipe para as lutas contra chefes mais desafiadoras da história e as missões secundárias opcionais disponíveis no Quest Counter em Fantasia Granblue: Relink. Mais importante ainda, quanto mais abaixo na árvore, mais habilidades o grupo pode desbloquear para equipar na batalha.
