Pessoa 3 Recarregar apresenta vários encontros com miniboss que testam regularmente os limites do jogador. Desde o início da jornada do jogador até a enorme torre do Tártaro, sombras poderosas surgirão para atuar como uma espécie de barreira, garantindo que o grupo esteja realmente pronto para passar para o andar de cima. Embora todos esses inimigos apresentem desafios sérios, poucos são tão difíceis quanto os chefes encontrados durante Pessoa 3 Recarregarde Desafios da Porta Mônada.