Os jogadores viajarão por vários mundos em Mario vs. Donkey Kong. Assim que derrotarem Donkey Kong pela terceira vez em Fire Mountain, eles poderão acessar uma nova área do jogo chamada Merry Mini-Land. Este local trará novos elementos de jogabilidade para Mario vs. Donkey Kongpermitindo opções de quebra-cabeças mais complexas nos próximos níveis.
