Este jogo fez muitas mudanças como um remake completo e uma das maiores envolve o sistema de batalha. As fraquezas elementares ainda desempenham um papel importante, mas os jogadores agora podem usar uma mecânica chamada Shift para trocar de lugar com os personagens após expor essas fraquezas. Há também Fantasia final-técnicas inspiradas no Limit Break, chamadas Teurgias em Persona 3 Recarregar.
